Jusqu’en 1772, l’île était, en ce qui concerne le religieux et l’administratif, rattachée à la commune de Barbâtre. Le 16 janvier de cette même année, Mgr Claude-Antoine François-Jacquemet Gautier d’Ancysede, évêque de Luçon, institua par un décret la Crosnière en paroisse Notre-Dame-du-Pé. Elle obtenait donc son autonomie, possédant son propre cimetière et sa propre église dont François-Ambroise Rodrigue, ancien chapelain du village de l’Epoids, fut le premier curé. Mais cette autonomie ne dura que 27 ans. En effet, en 1799, du fait que le chenal de la Lasse devint rapidement envasé, l’île fut rattachée au continent et dans le même temps, rattachée à Beauvoir-sur-Mer. De plus, la Crosnière fut ravagée par les colonnes infernales de Turreau en 1794, durant les guerres de Vendée et l’église et la cure furent brûlées.
De cette époque, il reste ce cimetière, où reposent les hommes et les femmes qui colonisèrent l’île de la Crosnière, dont Cornil Guislain Jacobsen, fondateur de l’île, inhumé le 25 mars 1787 et dame Jeanne-Thérèse-Louise Lauwers, épouse du premier régisseur de l’île, nommé par Jacobsen, Pierre-Joseph Lefebvre.

Durant la seconde guerre mondiale, la Crosnière fut de nouveau sous les eaux. En effet, pour améliorer la défense des côtes, les autorités allemandes qui avaient envahi le pays, ordonnèrent de détruire les digues de la Crosnière. Deux brèches dans la digue de la Lasse furent alors ouvertes et certaines parties de l’île durent être évacuées.