1789 : La Révolution éclate en France. Avec elle, un grand bouleversement va s'opérer dans le pays. La monarchie absolue va laisser place à une monarchie constitutionnelle puis un peu plus tard à la I ère République.
De cette période de troubles, les vendéens ont beaucoup souffert. Ces derniers étaient très attachés à leur roi et à l'Eglise catholique. Ainsi, le 10 mars 1793, un peu plus d'un mois après la mise à mort de Louis XVI le 21 janvier 1793, la commune de Beauvoir-sur-Mer fut la première à se révolter contre la République. Ainsi débutèrent les guerres de Vendée.
Plusieurs évènements ont motivé les vendéens à s'insurger. Dès 1789, la Constituante avait supprimé toutes les ressources du clergé, interdit les voeux, fermé les couvents et donné à la France une division administrative qui ne cadrait plus avec la division religieuse. De plus, le 12 juillet 1790, fut voté à l'Assemblé un texte fondamentale de la Révolution : La constitution civile du clergé. Celle-ci fut la source principale du soulèvement. Avec ce texte, l'Assemblée Constituante, qui voulait que l'Eglise de France deviennent une église nationale, séparée de Rome, décida q'il y aurait désormais un évêque par département, à savoir 83 au lieu de 117, 10 « évêques métropolitains » au lieu de 18 archevêques, le nombre de paroisses devant lui aussi être réduit. Payé par l'Etat, le clergé se fonctionnarisait. Comme les autres fonctionnaires, le clergé devait prêter serment, dans l'ordre, « à la nation, à la loi et au roi ». C'est ce serment qui va créer un schisme dans l'Eglise de France. Il y aura les « jureurs » et les « réfractaires ». Le Pape, Pie VI, comprenant mal ce qui se passait en France et hanté par la peur d'un schisme, décida dans un premier temps de ne pas brusquer les choses et de se faire discret. Cependant, par deux actes pontificaux datés des 10 mars et 13 avril 1791, Pie VI va finalement condamner la constitution civile du clergé et dénoncer le principe révolutionnaire. Mais ces condamnations arrivaient trop tard. Si elles étaient arrivées plus tôt, peut-être que cela aurait dissipé les doutes et l'Assemblée aurait peut-être eu peur de se retrouver face à une forte opposition des catholiques. Cependant, un nombre important de jureurs à la constitution civile du clergé allaient se rétracter. Dès lors, la France était divisée en deux, et les catholiques fidèles au Pape allaient désormais prendre position contre la Révolution. Les vendéens faisaient partis de ceux là. Ils préféraient rester avec leurs « bons prêtres », fidèles à Rome, et considérés comme des ennemis publics de la nation.
Mathieu de Gruchy, vicaire de Beauvoir-sur-Mer était l'un d'entre eux. Tout comme la constitution civile du clergé, la réorganisation de la garde nationale cantonale n'était pas non plus très appréciée dans les bourgs vendéens et c'est d'ailleurs à cette occasion, le 10 mars 1793, au cours d'une assemblée concernant cette réorganisation, que les habitants de Beauvoir-sur-Mer se mutinèrent et que l'insurrection commença.
Du 11 au 20 mars, les émeutes gagnèrent les 2/3 de l'Ouest. Les bandes conduites par des personnes telle Stofflet ou Cathelineau allaient alors faire place à une armée catholique et royale sous la conduite de Charette, d'Elbée ou encore La Rochejaquelin.

Durant cette période des Guerres de Vendée, la cité belvérine devait passer d'un camp à l'autre. Fin Septembre 1793, l'île de Noirmoutier étant contrôlée par les républicains, le général vendéen François-Athanase De Charette de la Contrie essaya de s'en emparer mais sa tentative se révéla être un échec. Il décida alors de se replier sur Beauvoir-sur-Mer qui était à ce moment là aux mains des royalistes.
Repartis entre-temps sur Legé, Charette n'abandonna pas l'idée de prendre l'île et quelques jours après sa première tentative infructueuse, le 11 octobre 1793, il revint à Beauvoir afin d'agir de nouveau. Cette fois-ci, malgré une bonne résistance républicaine, Le général vendéen atteint son but. Charette installa ses troupes aux points stratégiques de l'île et revint sur le continent. C'est à ce moment qu'eut lieu « l'affaire de Beauvoir », ainsi nommée par le général républicain Aubertin dans ses Mémoires. En décembre 1793, Charrette, qui était dans la cité Belvérine, averti par l'arrivé des républicains, disposa son armée en ordre de bataille afin d'affronter les bleus. Cependant, à l'arrivée des troupes républicaines, les blancs décidèrent de battre en retraite dans les marais de Bouin. Beauvoir-sur-Mer venait de passer aux mains des républicains et Aubertin s'installa d'ailleurs dans la maison que Charette venait de quitter. La ville servit alors de base aux bleus afin de préparer leurs offensives visant à reprendre Noirmoutier, qui fut d'ailleurs récupéré, non sans mal, au début de l'année 1794.
Ces guerres se terminèrent finalement en faveur des républicains avec la prise de Charette suivi de son exécution le 29 mars 1796, place Viarme, à Nantes. Le 28 novembre 1797, Mathieu de Gruchy, le prêtre réfractaire de Beauvoir était exécuté au même endroit.